君子文化基金以社会主义核心价值观为指导，崇尚君子品格，研究、传播、推广君子文化，弘扬中华民族传统文化和社会主义核心价值观。该专项基金定向用于君子文化研究项目，主要通过举办学术研讨会、学术交流等活动、设立君子文化研究课题、编辑出版君子文化研究成果等活动方式，推动中华优秀传统文化的创造性转化和创新性发展。

该专项基金及项目的运作，具体由秘书处根据《基金会管理条例》、《民政部关于进一步加强基金会专项基金管理工作的通知》和《智善公益基金会章程》、《智善公益基金会专项基金管理办法》，并按照捐赠人意愿，全面落实捐赠及监管职责。